Учился в духовной школе (1872—18811872-1881), русском реальном училище (1881-1884) г. Шуши.
В 1884 уехал в Баку, в 1886 — во Францию.
Учился в художественной студии в Марселе (1886—18901886-1890), в Академии Жюлиана в Париже (1887—19001887-1900), в мастерской профессоров Б. Констана и Ж. П. Лоранса.
Воздействие на творчество Агаджаняна произвело реалистическое искусство Г. Курбе.