Вместе с военнопленными доктора переправляют в Тифлис и сажают в тюрьму. После трех месяцев заключения их посылают на принудительные работы в Нафтлуг - в воинский лазарет.
В марте 1915г. при содействии католикоса Аменяна Католикоса всех армян, Геворга V, оба врача освобождаются из плена, переводятся в Эчмиадзин, где они оказывают помощь более 75 тысячам беженцев, страдающим от голода и болезней.
В сентябре Саркиса отправляется в Дилижан и по линии организации Союз Всероссийских городов основывает здесь больницы и сиротские приюты для беженцев.