28 сентября 1895 - утвержден предводителем Шамахинской епархии, где служил до 20 декабря 1896 г.
По возвращении в Св. Эчмиадзин кондаком Его Святейшества Католикоса [[Хримян МкртичI Ванеци|Мкртича Хримяна]] Бархударян назначен ключарем Кафедрального собора и членом Монастырского правления, а затем - членом Синода.
В 1904 - по состоянию здоровья святейший Макар отрекся от этой должности и был назначен настоятелем [[Монастырь Св. Товма Агулиса в Нахичевани|Монастыря Св. Товма Агулиса в Нахичевани]], где и провел последние годы жизни.