В годы Первой мировой войны он принял активное участие в оказании помощи армянским беженцам, был назначен членом Синода и председателем Комитета братской помощи Еревану, выявив большие организаторские способности в деле размещения переселенцев.
Созванное Созванный 16 июня 1945 г. большое национально-церковное собрание в Ереване и Эчмиадзине Национальный Церковный Собор армян 22 июня единогласно избрало избрал Чорекчяна Католикосом Всех Армян, а 24 июня состоялось его освящение и восшествие на престол.
В годы второй мировой войны среди армянской диаспоры католикос организовал сбор пожертвований на создание танковых колонн «Давид Сасунский» и «Генерал Баграмян» (1944).
В апреле 1945 г., во время встречи с И. Сталиным, Геворг VI получил одобрение планам возрождения Армянской Церкви и избрания нового католикоса; на встрече был поднят вопрос о судьбе Западной Армении.
В июне 1945 г. в Ереване и Эчмиадзине состоялся Национальный Церковный Собор армян, на котором Геворг Чорекчян был избран Католикосом всех армян; торжественно посвящен в сан 24 июня.
В период католикосата Геворга VI возродились епархии Армянской Апостольской Церкви на территории СССР, начал издаваться церковный журнал «Эчмиадзин», были вновь открыты Эчмиадзинские Духовная Академия и Духовная Семинария, церковная типография, церковным учебным заведениям возвращены библиотека, некоторые здания, принадлежавшие католикосату, а также мощи св. Рипсимии, монастыри Гегард, Хор-Вирап на территории Армянской ССР.